私下签的股份代持协议是有效的，前提是不违反《民法典》对于合同的规定。有限责任公司的实际出资人与名义出资人订立合同，约定由实际出资人出资并享有投资权益，以名义出资人为名义股东，实际出资人与名义股东对该合同效力发生争议的，如无民法典规定的情形，人民应当认定该合同有效。实际出资人与名义股东因投资权益的归属发生争议，实际出资人以其实际履行了出资义务为由向名义股东主张权利的，人民应予支持。一、股东资格确认纠纷有哪些。股东资格确认纠纷的情形有很多，主要包括股权转让瑕疵、代持股行为、股东除名、虚假增资行为等情形。