对民间借贷纠纷案件进行调解后出具调解书的，如果对调解书有异议的，不是申请撤销，而是向申请再审。《中华人民共和国民事诉讼法》。第二百零一条调解书再审。当事人对已经发生法律效力的调解书，提出证据证明调解违反自愿原则或者调解协议的内容违反法律的，可以申请再审。经人民审查属实的，应当再审。一、调解书具有哪些效力。调解书具有以下法律效力。(一)确定当事人间民事法律关系的效力。人民的调解书送达当事人，表明双方当事人对曾经发生争议的民事法律关系已经取得共识并得到法律的确认，原先争议的法律关系演变为无争议的法律关系，权利方应依法行使权利，义务方应依法履行义务，双方当事人从此不得对此法律关系再发生争议。这是调解书在实体法上的效力。(二)结束诉讼的效力。