劳动者在离职时被克扣工资的，可以先和用人单位进行协商，协商不成或者达成和解协议后对方不履行的，可以向调解组织申请调解，之后调解失败的，可以申请仲裁，之后仲裁失败的，可以起诉。法律依据：《劳动争议调解仲裁法》第五条发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民提起诉讼。恶意克扣工资怎么办；恶意克扣工资的处理：1、劳动者可以到当地劳动局劳动监察投诉；2、可以到当地劳动局申请仲裁，要求支付工资。如果未签订劳动合同，还可以要求支付未签订劳动合同的双倍工资。如果是以拖欠工资提出的解除劳动关系，还可以要求支付经济补偿金。