违规自建房拆迁补偿的参考依据是《国有土地上房屋征收与补偿条例》，根据《条例》规定：拆迁人在拆除违章建筑时依法不给予补偿，违章建筑内的财产可以于违章建筑存在，系违章建筑人的合法财产，依法应当受到保护。拆迁人在拆除违章建筑的过程中，不得侵犯违章建筑人的违章建筑内的合法财产权益，否则应当承担法律责任。拆迁人要依法向违章建筑人支付拆迁补助费。拆迁补助费包括搬迁补助费和临时安置补助费等其它费用。拆迁人不得因违章建筑拒绝向违章建筑人支付搬迁补助费和临时安置补助费等费拆迁补助费的请求。