1、两者的主体和客体不同。股权收购的主体是收购公司和目标公司的股东，客体是目标公司的股权。而资产收购的主体是收购公司和目标公司，客体是目标公司的资产。2、两者的负债风险不同。股权收购方式下，收购公司成为目标公司股东，收购公司仅在出资范围内承担责任，目标公司的原有债务仍然由目标公司承担。由于目标公司的原有债务对今后股东的收益有着巨大的影响，因此在股权收购之前，收购公司必须调查清楚目标公司的债务状况，一般并购公司聘请专业的中介机构如设计师和律师对目标公司进行尽职调查，并在股权转让协议中对目标公司潜在债务风险予以规避。3、两者在税收方面存在差异。在股权收购中，纳税义务人是收购公司和目标公司股东，而与目标公司无关。除了印花税外，目标公司股东可能因股权转让而缴纳企业或个人所得税。