独资企业中夫妻共同财产由夫妻双方协议分割，如果协议不成的，由人民法院依法判决。如果是一方主张经营该企业的，对企业资产进行评估后，由取得企业资产所有权一方给予另一方相应的补偿。【法律依据】；《最高人民法院关于适用婚姻家庭编的解释（一）》第七十五条。夫妻以一方名义投资设立个人独资企业的，人民法院分割夫妻在该个人独资企业中的共同财产时，应当按照以下情形分别处理。（一）一方主张经营该企业的，对企业资产进行评估后，由取得企业资产所有权一方给予另一方相应的补偿。（二）双方均主张经营该企业的，在双方竞价基础上，由取得企业资产所有权的一方给予另一方相应的补偿。（三）双方均不愿意经营该企业的，按照《中华人民共和国个人独资企业法》等有关规定办理。