没有什么特别科学的方法，但是一般来说合同归档管理流程如下：1、合同应交由企业档案管理部门进行归档，档案管理一般为法务部门或行政部门。为保稳妥，建议企业每个合同至少应留存两份原件，并分别放置两个地方留存。2、合同登记的项目应由企业的业务部门与归档部门一同汇总，共同完成登记工作。有些企业仅登记合同中的收、付款信息，这是远远不够的，登记应至少包括对方主体信息、主要项目内容、本企业合同负责人、对方合同负责人、主要权利义务履行期限、付款节点、收款节点、涉及资产购买的还应进行资产登记。3、合同归档之前进行扫描，留存合同电子版，做到纸质文件与电子文件的统一。日后非必须使用原件时，查询电子版本即可。