法律分析：抵押权人有权扣除拍卖费用，但应当遵循相关法律规定。法律依据。1.《担保法》第二十七条：债务人未清偿债务，抵押物拍卖所得价款不足清偿全部债务，抵押权人有权就不足部分向债务人追偿。2.《物权法》第一百五十一条：抵押权人行使抵押权时应当依照有关法律规定，并按照法定程序办理。3.《最高人民法院关于审理抵押权人与第三人不当得利纠纷案件适用法律若干问题的解释》第七条：当抵押标的物被拍卖所得款项不足清偿债权的，拍卖费用应当优先从拍卖所得款项中支付，抵押权人有权优先扣除其担负的拍卖费用。总结：抵押权人在行使抵押权时应当遵循相关法律规定，拍卖所得款项不足清偿债务时，抵押权人有权扣除拍卖费用，但应当按照法定程序办理。