1、工程欠款诉讼时效延长的理由是承包人在法定的诉讼时效期间内未行使权利是有正当理由的。2、例如不可抗力；诉讼时效期间届满；法院决定延长；并且决定延长的期间必须适当。3、法律依据：《民法典》。第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。自诉讼时效的延长；诉讼时效延长是指人民法院查明权利人在诉讼时效期间确有法律规定之外有正当理由而未行使请求权的，适当延长已完成的诉讼时效期间。1、延长诉讼时效所依据的正当理由(事由)是由人民法院依职权确认的。