(1)设置体系不同。一般自首与准自首仅规定于刑法典总则中，而特别自首制度则是由刑法典分则所自行设立和规定的。(2)效力范围不同。一般自首和准自首制度因规定于刑法总则而具有适用效力上的普遍性，从而适用于刑法分则和特别刑法所设置的一切罪种，而特别自首却只适用法定化的特定罪种，目前仅限于受贿罪的三种外围犯罪在对于上述三种特定罪行的适用上，虽然存在个别情况下适用总则关于自首的规定，但是大多数情况下却是直接排除了一般自首与准自首适用于此类犯罪的可能性。(3)适用对象不同。一般自首适用于人身自由未受到剥夺、存在投案条件的所有犯罪人准自首仅适用于被采取强制措施的犯罪嫌疑人、被告人和正在服刑的罪犯特别自首则适用于犯有对公司和企业人员行贿罪、行贿罪或者介绍贿赂罪的特定犯罪人。