母亲起诉离婚有两个孩子的判决一般基于有利于孩子健康成长的原则。主要判决形式有。1、两岁以下的孩子，一般会判给女方。若女方患有长期无法治愈的传染病或其他严重疾病或母亲有抚养条件，却不履行抚养义务，可以交由男方抚养。2、两岁以上的孩子，会优先考虑条件较好的一方抚养孩子。3、两岁以上未成年子女，父母要求随其生活，主要考虑：经济状况、个人素质、生活环境、对子女的责任感、与子女的感情亲密度等。4、八岁以上未成年子女与父母生活发生争议的，应当考虑子女本人的意见。父母双方可以协议轮流抚养子女，这将根据双方自愿达成的抚养协议，或在的参与下达成抚养协议。【本文关联的相关法律依据】。《中华人民共和国民法典》。