区别如下：1、二者的定义存在区别。（1）撤销案件是指侦查机关对立案侦查的案件，发现具有某种法定情形，或者经过侦查否定了原来的立案根据，所采取的诉讼行为。（2）终止侦查是指人民在审判案件过程中，遇有法律规定的情形致使审判不应当或者不需要继续进行时终结案件的诉讼活动。2、二者的执行结果存在区别。（1）终止侦查：终止侦查，说明经机关侦查，没有证据证明该人有犯罪事实，已排除涉案嫌疑，但有证据证明该案件有犯罪事实的存在。终止侦查，只是侦查结束，不代表没有责任或者有罪。（2）撤销案件：案件撤销就是不查且无罪或者无责任。