公司间发生合同纠纷，可以按下列步骤来走法律程序。1、到起诉或者向仲裁机构申请仲裁。2、上述机构决定是否受理。3、决定受理的，再进行调解或者依法作出裁判。4、依法履行生效的裁决。5、若一方拒不履行的，另一方可以申请强制执行。一、仲裁和民事诉讼有什么区别。民事诉讼是依据民事法规，在所有当事人和律师等工作人员的参与下，双方对各自的权益全力的争取的一种活动。仲裁是诉讼当事人确定放弃争议，双方协商后，由作出判定来解决争议。这两种方法都可以解决法律纠纷，但他们有很多不同点。两者区别；仲裁与诉讼相比，又有自身的特点。1、仲裁的前提是当事人双方达成仲裁协议，表明自愿将争议提交仲裁机关。而民事诉讼不需要双方协商，只要一方的起诉符合法定条件就会受理。