一、行政机关损毁扣押财物如何处理。1、行政机关对财物进行查封、扣押、冻结后，如果损毁该财物的，对当事人造成损失，应当依法予以赔偿。2、行政机关承担赔偿责任后，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，可以进行追偿，并且给予相应处分。3、法律依据：《中华人民共和国行政处罚法》第八十条。二、行政处罚执法权的限定是怎样的。（1）职务身份保障权。职务身份保障权是指行政执法人员经有关国家机关选举或任命担任某一职务后所享有的受法律保护的权利。行政执法人员一经合法选任后，非经选任机关同意并履行法定程序，其他任何组织和个人都无权罢免、撤消其职务。