法律分析。公司制度与劳动法不一致时怎么办，应以劳动法为准。国家的法律法规的效力高于企业规章制度的效力。法律依据。《中华人民共和国劳动法》。第四条 用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。第八十九条 用人单位制定的劳动规章制度违反法律、法规规定的，由劳动行政部门给予警告，责令改正；对劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。第一百零五条 违反本法规定侵害劳动者合法权益，其他法律、行规已规定处罚的，依照该法律、行规的规定处罚。