一、事业单位会计核算的主要问题。(一)会计制度中存在的问题。1、执行单一会计制度不适应某些单位的实际情况。财政部门要求行政事业单位将预算内外资金纳入一套账进行会计核算，执行一种单一的会计制度：行政单位会计制度或是事业单位会计制度。2、行政单位会计制度规定的会计科目不能准确反映日益复杂的经济业务。由于省地级行业主管部门与县市级行业主管部门往来增多，如行政单位行政事业性收费也按比例上缴，上级单位也有可能对下级行政单位进行经费补助，而目前的行政单位会计制度没有缴上级支出以及上级补助收入这样的科目来反映这两类款项往来，造成行政事业单位发生上述业务时，运用会计科目混乱，不能正确反映其资金动向。(二)执行会计制度中存在的一些问题。