不应当扣除因参加了医疗保险已得到赔付的部分，不管参加的医疗保险是什么性质。理由是与保险公司之间是保险合同关系，另一种是侵权纠纷，两种之间的法律关系是不一样的，不能混在一起。在保险公司能否得到赔付与其被侵权能否得到赔偿是不相关的。保险公司不能因为已赔偿了的全部医疗费而拒绝赔付医疗费，同样，侵权人也不能因为的部分医疗费已由保险公司赔付而不再赔偿。人身保险的被保险人因第三者的行为而发生死亡、伤残或者疾病等保险事故的，保险人向被保险人或者受益人给付保险金后，不得享有向第三者追偿的权利。根据该条的规定，人身保险的被保险人在因第三者的行为而发生死亡、伤残或者疾病后，可以向保险公司要求赔付，经保险公司赔付后，其仍有向第三者要求赔偿的权利。