申请慢性疾病农村合作医疗补助办理流程。1、领取并填写《新农合慢性病鉴定审批表》。2、将上述材料和《新农合慢性病鉴定审批表》提交镇合管站，镇合管站受理、初审、按申报病种分类整理汇总后上报县合管中心。3、县合管中心组织县新农合慢性病专家鉴定委员会定期召开鉴定会对所申报材料进行审核、鉴定、并作出鉴定结论。4、对鉴定符合条件的参合慢性病患者发给《新农合慢性病就诊证》，按规定享受新农民和慢性病门诊补偿待遇。新农合慢性病申请办理流程与所需材料有。1、县级以上（含县级）公立医疗机构出具的相关病历。2、疾病诊断证明书。3、出院记录。4、检查治疗报告单。5、近期一寸照片等申报材料。医保报销流程。