办理新农合慢性病证需要医院填写审批表并办理多项手续，包括医疗机构证明、病历资料等，不同疾病种类有不同要求。申请人需在乡镇农合站提交完整材料，最终获得慢性病就诊证后可享受医疗保险报销。这为慢性病治疗提供了财务支持。法律分析；新型农协慢性病处理流程需要先到医院麻烦看病医生填写新型农村合作医疗慢性病登记审批表并贴一张患者近照；拿着审批表到相关科室经主任考核签字后，加盖该科疾病证明印章；再在医院医保办加盖新农合印章，最后将审批表份、本人身份证、同底1寸近照1张提交参保地合管中心审核备案后办卡即可。慢性病证办理相关要求。1、近一年来慢性病和特殊疾病诊治相关的二级(县级)以上定点医疗机构相关病种住院病历复印件(盖章)、相应辅助检查报告。