保护区内违建，处理如下：1、在保护区内私搭乱建等违法违规占地的单位和个人，必须停止违法行为，自行拆除违法建筑及设施，撤出施工作业机械和车辆，对生态环境造成破坏的，要主动到市森林说明情况并接受相应处罚。2、对拒不自行拆除的私搭乱建等违法违规占地项目，将由相关执法部门强行拆除。3、对拒不撤离、顶风生产和建设的，要从严从重处罚。对违法建筑的违建处罚方式如下：1、罚款。对于违法建设当事人所建的违法建筑可以采取改正措施消除对规划实施的影响的，处建设工程造价5%以上10%以下的罚款。2、限期拆除。违法建设当事人所建的违法建筑，无法采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期拆除。3、行政强制拆除。法律依据：《中华人民共和国土地管理法》 第七十七条。