擅自改变武器装备编配用途罪的惩罚有：处三年以下有期徒刑或者拘役；造成特别严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑。擅自改变武器装备编配用途罪是指违反武器装备管理规定，擅自改变武器装备的编配用途，造成严重后果的行为。【本文关联的相关法律依据】。《中华人民共和国刑法》第四百三十七条。违反武器装备管理规定，擅自改变武器装备的编配用途，造成严重后果的，处三年以下有期徒刑或者拘役；造成特别严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑。第十三条；