法律分析：主要有以下区别。1、土地来源区别。拆迁自建房屋的土地来源是划拨或低价出让，而商品房开发商取得土地是通过出让方式。2、产权区别。很多自建房是不具备完全产权的，具有完全的房屋所有权，但不一定具备完全的土地使用权。而商品房是具备完全产权，完全的房屋所有权和完全的土地使用权。3、质量区别。自建房往往建设利润有限，因此，自建房的建设一般不如商品房。4、交易时间上的。不少自建房都有交易时间上的，也就是规定在几年内不得上市销售。商品房没有这方面的规定。5、交易的区别。因为其安置对象是特定的动迁安置户，该类房屋的买卖除受法律、法规的规范之外，还受到当地相关地方的约束。