灵活就业人员缴纳医疗保险有档次。灵活就业人员医保缴费标准是根据其所在地区的平均工资水平确定的。具体来说，灵活就业人员医保缴费标准分为两个档次：低档：按照所在地区职工月平均工资的60%计算，最低不低于当地最低工资标准。高档：按照所在地区职工月平均工资的300%计算，最高不超过当地最高工资标准的300%。根据我国现行的医疗保险制度，灵活就业人员可以选择参加城镇居民基本医疗保险或者新型农村合作医疗。这两种医疗保险制度都设有不同的缴费档次，灵活就业人员可以根据自己的实际情况和经济能力选择合适的缴费档次。