已经自费的一般还能用新农合报销，不过只能报销医保范围内的费用，若参保人已经办理了参保手续，且足额缴纳了医疗保险费，并在指定医疗机构就医，那么其所发生的住院医疗费用等，在先行支付了现金，保存好有关单据和资料后，只需要带好身份证，医保卡，医院急诊病历，检查化验报告单，，医疗费用清单等材料办理相关报销手续即可。自费工伤可以报新农合，但是工伤只能在工伤保险和新农合中选择一个，不能同时报销，两个是不同性质的保险。建议选择工伤保险，因为新农合只对医疗费进行报销，而工伤保险的范围不限于医疗费。农合住院检查费是可以报销的。新型农村合作医疗报销范围包括在统筹期内因病在定点医院住院诊治所产生的药费、检查费、化验费、手术费、治疗费、护理费等符合城镇职工医疗保险报销范围的部分