新农合的报销流程如下：1、由门诊医生或住院部医生诊断，开具住院证。2、持农合证到住院收费窗口缴费并做网络登记。3、持住院证，缴款单到住院登记窗口登记，领取病历表及用品。4、到对口专科进行住院检查、治疗。5、出院时找自己的主管医师开具出院证、诊断证等。法律依据。《中华人民共和国社会保险法》。第二十四条；国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由规定。第二十五条；国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和补贴相结合。享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由给予补贴。