合作医疗报销主要有以下几种方法：第一、本地医疗卡直接在办理出院手续结账时刷卡结算；第二、异地医疗，出院后携带相关证件去报销；第三、特殊病种门诊报销，出具相关检查报告资料以及《新农合特殊病种门诊治疗审批表》向新农合业管中心提出申请，经过审核批准后，其门诊医药费用可以列入到新农合的报销范围内。1、门诊：直接在卫生院(所)记帐，患者本人或家属在处方上签名，但超过家庭帐户金额后自付。2、住院：①本乡住院，直接在乡卫生院出院时核报，150元为起付线，线内自付，超过起付后按75%核报。患者或家属在处方上签名，医院在医疗证上登记。患者可要求医院尽量使用可报药品，医院用药每张处方不可报药费应控制在15%以内。