农村合作医疗医院门诊可以报销。新型农村合作医疗是一种农民医疗互助共济制度，农民可以自愿参加。门诊费用可以报销，但报销比例和年限额有规定。村卫生室及村中心卫生室就诊的报销比例为60%，镇卫生院为40%，二级医院为30%，三级医院为20%。镇级合作医疗门诊的报销年限额为5000元。报销只适用于定点医疗机构的门诊和住院费用。报销流程是患者持医疗证到定点医疗机构就诊，自行缴费后，在规定期限内携带相关证明材料到新农合窗口进行审核和报销。农村合作医疗的报销流程。1、患者在定点医疗机构就诊，出示合作医疗证件。2、医院根据患者的病情和合作医疗的规定提供治疗，并开具费用清单。3、患者支付个人承担的费用部分，医院代扣代缴合作医疗报销的部分。4、医院将患者的就诊信息和费用清单报送至合作医疗管理部门。