新农合患者住院治疗费用报销比例与起付线有关，镇级医院为100元/人次，报销比例100%；县级医院为600元/人次，报销比例80%；省级医院为3000元/人次，报销比例55%。法律分析；新农合患者在镇级医院住院治疗起付线为100元/人次，报销比例是合规费用的100%；市内县级定点二级医院住院治疗起付线600元/人次，报销比例为80%；省级三级定点医院住院治疗起付线3000元/人次，报销比例为55%。拓展延伸；农合下的医疗费用报销比例如何确定。