农村合作医疗补交费的流程为。1、单位经办人员携带资料到征缴窗口办理医疗保险补缴录入手续。2、用人单位持补缴表到社会保险经办机构缴费。3、用人单位携交款，由社保经办机构人员在社保部门办理意见栏签字并加盖业务章。4、用人单位凭盖章及相关材料到医保科重新认定医疗保险视同缴费年限；农村合作医疗费可以补交当年的。新农保缴费方法。1、定期交费，在收入比较稳定或比较富裕的地区和人群采用这种方式。如乡镇企业可按月、按季交纳保费，富裕地区的农民可按半年或按年交纳保费，其交费额既可以按收入的比例，也可以按一定的数额交纳。2、不定期交费，多数地区因收入不稳定而采取的方式。丰年多交，欠年少交，灾年缓交。家庭收入好时交，不好时可不交。