合作医疗报销是有时间的。一般是需要在一年内进行报销的，不可以跨年度报销，农村合作医疗一年一缴纳，报销需要的材料包括门诊发泡，住院等。一般新型农村合作医疗的报销时间是当年之内，如果花费的医疗费用跨年度的，则一般不超过一季度，具体则根据各地的相关规定来确定。农合医疗报销需要材料。1、门诊报销携带资料：门诊、合作医疗证历本（或病历）。2、住院报销携带资料：住院、合作医疗证历本（或病历）、费用明细清单、出院小结、其它有关证明。3、门诊特殊病报销携带资料：门诊、特殊病种合作医疗证历本。4、办理特殊病种携带资料：特殊病种门诊治疗建议书，合作医疗证历本、病历、有关化验报告单、照片二张。