农村合作医疗退费的流程如下：1、参保户准备好报销所需资料后，交给村（社区）合作医疗联络员；由联络员审核后，报送给镇合作医疗联络员；镇联络员再将资料送至区农易办结报中心进行报销。2、医院直接报账：参保人员因疾病住院时，出示新型农村合作医疗证，医院直接办理报账。3、参保者出院后，将住院、费用清单、出院记录和身份证交给乡镇合管所，审核后，乡镇合管所将申请送至市农保业务管理中心，报销费用转入指定账户。农村合作医疗的退费标准。1、基本退费比例：根据农村合作医疗的规定，参保人员在规定的医疗机构就医，按照一定的比例获得医疗费用的报销。2、门诊与住院差异：通常情况下，门诊和住院的退费标准是不同的，住院报销比例高于门诊。