律师分析。医保是一个大范围，只要是医疗保险都叫医保，医保又分社会医疗保险和商业医疗保险，而你说的合作医疗保险是社会医疗保险里面的一种。1、缴纳费用不同：农村医保缴纳的费用一年几百元，而社保缴纳费用一年几千甚至上万，相比之下农村医保的费用低很多。2、包含项目不同：农村医保只包含了医保，但是社保除了包含医保还包括养老、失业、工伤和生育保险。3、缴费方式不同：农村医保是由参保人负担全部费用，而社保是由职工和公司一起承担费用的。【法律依据】：《中华人民共和国社会保险法》 第三十条 下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围。(一)应当从工伤保险基金中支付的。(二)应当由第三人负担的。(三)应当由公共卫生负担的。(四)在境外就医的。