合作协议纠纷处理方法如下：1、咨询和沟通阶段。当合作协议纠纷发生时，双方首先应通过咨询和沟通的方式尽量解决纠纷。双方可以通过会议、电子邮件、电话等方式进行沟通，了解对方的诉求和利益，共同寻找解决方案。2、协商谈判阶段。如果咨询和沟通无法达成一致，双方可以进入协商谈判的阶段。协商谈判可以通过面对面会议、调解、仲裁等方式进行。在协商谈判中，双方可以提出各自的主张和解决方案，并寻求妥协和共赢的结果。3、仲裁或诉讼阶段。如果经过协商谈判后仍无法解决纠纷，双方可以选择仲裁或诉讼的方式进行处理。仲裁是一种非诉讼的纠纷解决方式，通过双方协商确定仲裁机构进行仲裁，仲裁结果具有强制性。诉讼是一种诉讼程序通过审理纠纷并做出判决。双方应根据合作协议中的约定选择合适的纠纷解决方式。