1、两者本质不同；国家以土地使用权作价入股，是指国家以一定年期的国有土地使用权作价，作为出资投入改组后的新设企业；而土地使用权作价出资是国有企业改革中特有的一种土地处置方式，是指国家以一定年期的国有土地使用权作为出资投入到改革后的新设企业。2、两者土地使用权持有者不同。国家以土地使用权作价入股的土地使用权作价出资形成的国家股股权由国有资产投资主体委托有资格的国有股权持股单位统一持有；而土地使用权作价出资该土地使用权由新设企业持有。3、两者土地使用权的权力不同。