有孩子分居两年的，不可以自动离婚。夫妻双方有孩子分居两年的，可以选择协议离婚，也可以选择诉讼离婚，只是不能自动离婚。双方选择协议离婚的，可以直接去婚姻登记机构办理离婚登记；选择诉讼离婚的，应当去人民提起离婚诉讼，人民会对分居的原因进行查证，双方因感情不和而分居的，人民会判决离婚，但是双方是因其他原因而分居的，人民不会判决离婚。【本文关联的相关法律依据】。《中华人民共和国民法典》。第一千零七十六条 夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。第一千零七十九条 夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民提起离婚诉讼。