合同无效仲裁协议一般会有效，因为仲裁协议属于解决争议的条款。法律规定，合同不生效、无效、被撤销或者终止的，不影响合同中有关解决争议方法的条款的效力。争议解决条款就是解决在纠纷时解决问题的一种方式。不会因为主合同内容的无效而无效。一、建设工程施工合同无效违约条款是否有效。无效。合同无效、被撤销或者终止的，不影响合同中存在的有关解决争议方法的条款的效力。但是，违约金条款不属于解决争议的条款，争议解决条款是指合同中约定的，如果双方发生争议，是选择仲裁还是诉讼等条款。因此，如果合同无效，违约金条款也无效。二、行政合同纠纷；