公司申请破产清算程序有：1.成立清算组。2.清算组接管破产公司。3.破产财产分配。4.清算终结。【法律依据】《破产法》第二十四条规定，人民应当自宣告企业破产之日起十五日内成立清算组，接管破产企业。清算组负责破产财产的保管、清理、估价、处理和分配。清算组可以依法进行必要的民事活动。《公司法》第一百八十二条，公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失，通过其他途径不能解决的，持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东，可以请求人民解散公司。