合作医疗报销的方法包括在出院手续结账时使用本地医疗卡进行刷卡结算，异地医疗时携带相关证件进行报销，以及特殊病种门诊报销需要出具相关检查报告资料和《新农合特殊病种门诊治疗审批表》并向新农合业管中心申请，审核批准后门诊医药费用就可以列入新农合的报销范围。法律分析；合作医疗报销的方法包括以下几种：首先，在出院手续结账时，使用本地医疗卡进行刷卡结算；其次，如果需要异地医疗，则在出院后携带相关证件进行报销；第三，对于特殊病种的门诊报销，需要出具相关检查报告资料以及《新农合特殊病种门诊治疗审批表》，并向新农合业管中心提出申请。审核批准后，其门诊医药费用就可以列入新农合的报销范围。结语；