丢失联和抵扣联的处理流程如下：1、尽快补开：在发现丢失后，企业应当及时联系供货方或者服务方，并要求对方补开，开具与原相同金额、相同抵扣项目的新。2、申请认证：如果抵扣期限还未到，且销售方愿意协助认证，可以向当地税务机关申请认证，认证通过后可继续享受抵扣。3、做好相关记录：如果认证不成功，或者抵扣期限已过，企业需要在台账上记录丢失的情况，详细注明原的开票日期、金额、抵扣项目等信息。丢失联和抵扣联可能会带来以下后果。1、抵扣税额受限：如果原先的抵扣联已经丢失，需要申请临时，而税务机关对临时的抵扣周期是有的，可能会导致无法全部抵扣税额。