个人所得税退税的操作方式有。1、申请人自行申请退税：一般可以通过税务局网站、或者个人所得税手机APP、邮寄申办、或者直接前往办税服务大厅等方式进行办理年度汇算，并结清应退税款。2、可以委托公司代缴个税人员协助办理退税，纳税人可向任职所在公司提供上个纳税年度在本公司之外的综合所得收入、相关扣除信息、以及享受税收优惠等信息资料，委托公司负责代缴个税的工作人员协助进行纳税申报并办理退税。3、纳税人可委托涉税专业服务单位或者个人代为退税。个人所得税扣除依据。1、国家是由固定的个人所得税的税率的，每个人的收入不同，就会按照税率逐渐累加，显然每个月的收入越多，要缴纳的个人所得税也就越多。2、每个月在基本工资中除了要扣除五险一金之外，就是要扣除个人所得税了。