棚户区改造房产证存在问题：1、短期内办理，以避免冲击房地产市场；2、房地产无销售业绩，难负责老百姓的税款。3、改造后产生多套房，难定高税价。法律分析；棚户区改造房是可以有房产证。但是涉及很多的问题。1、短期内不能办理。原因多方面，主要是考虑不能确权这么多的房子，冲击房地产市场。2、缴纳税赋不确定。因为负责棚户区改造的房地产是很吃亏的，房地产先投入资金改造棚户区，处在资金链不健全的时候，是不可能负责老百姓这部分的税款的。因为房地产没有销售业绩啊，没有销售出一套房，但棚户区改造老百姓是要缴纳契税。3、改造后因此而产生了许多的二套房三套房甚至多套房，怎么收这部分房子的税肯定要定高税价，也很难定这部分的税赋。拓展延伸；回迁房产权归属及棚户区改造进展情况调查。