扣缴义务人申报和综合所得年度自行申报的区别有以下。1、扣缴义务人申报：这种申报方式是由扣缴义务人（任职单位）按月帮你预扣预缴，我们能每个月先享受税务优惠。2、综合所得年度自行申报：这种申报方式是由纳税人在每个纳税年度结束后自行进行申报办理，在下一年享受税务优惠。3、个税专项附加扣除通过扣缴义务人申报时，可以在预扣预缴阶段扣除；而选择“综合所得年度自行申报”时，个税的六项专项附加扣除不能在预扣预缴时扣除，只能在自行办理个税年度汇缴清算时扣除。4、如果你是想每个月都能享受到税务优惠，那可以选择通过扣缴义务人申报的方式，这样每个月就都能享受到税务优惠；如果你不想让任职单位知道你的专项附加扣除信息，或者是没有任职单位帮忙预扣预缴，那可以选择综合所得年度自行申报。个人所得税的税率。