工程预付款比例如下：1、工程预付款的比例是一般是合同约定的10%；但同时发包人应按不低于工程价款的60%，不高于工程价款的90%向承包人支付工程进度款。2、如果双方当事人签订了合同之后的30日内就要支付预付款的50%。一、工程预付款的扣回方法如下：1、可以从未施工工程尚需的主要材料及构件的价值相当于工程预付款数额时起扣，从每次结算工程价款中，按材料比重扣抵工程价款，竣工前全部扣清。2、在承包完成金额累计达到合同总价的10%后，由承包人开始向发包人还款；发包人从每次应付给承包人的金额中扣回工程预付款，发包人至少在合同规定的完工期前三个月将工程预付款的总计金额按逐次分摊的办法扣回。二、工程预付款的作用如下：1、预付款是一种支付手段，其目的是解决合同一方周转资金短缺。