可以，根据相关法律规定，农村自建房可以申请土地所有权登记，地属于村农民集体所有的，由村集体经济组织代为申请，没有集体经济组织的，由村民委员会代为申请，土地属于乡(镇)农民集体所有的，由乡(镇)集体经济组织代为申请。【本文关联的相关法律依据】。《不动产登记暂行条例实施细则》。第二十九条集体土地所有权登记，依照下列规定提出申请：(一)土地属于村农民集体所有的，由村集体经济组织代为申请，没有集体经济组织的，由村民委员会代为申请；(二)土地分别属于村内两个以上农民集体所有的，由村内各集体经济组织代为申请，没有集体经济组织的，由村民小组代为申请；(三)土地属于乡(镇)农民集体所有的，由乡(镇)集体经济组织代为申请。