三类医疗器械经营许可证的办理方式：首先，经营者向所在地设区的市级人民政府负责药品监督管理的部门申请经营许可。然后，负责药品监督管理的部门应当对申请资料进行审查。对符合规定条件的，准予许可并发给医疗器械经营许可证。一、营业执照由什么部门办理。营业执照由主管部门办理。一些行业需要办理的营业执照包括烟草专卖许可证、药品营业执照、危险化学品营业执照、广告营业执照、快递营业执照等。其中，食品经营许可证由申请人向县级以上地方食品药品监督管理部门提交；广告经营许可证由申请人向县级以上广告监督管理机关提交。申请不同行业的营业执照所需的材料不同，通常所需的材料有。1、申请营业执照。2、营业执照复印件。3、经营场所使用证明。4、营业执照行业所需的其他文件。二、卖医疗器械需要办什么证。