分居三年起诉离婚流程如下：1、原告准备诉状和证据，提交法院。2、法院审查后，符合法律规定，安排调解。3、调解不成，通知开庭审理。4、法院根据审判情况作出判决。5、对一审判决不服的，可以在十五内向上级法院提起上诉。《中华人民共和国民法典》规定，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。【本文关联的相关法律依据】。《中华人民共和国民法典》。第一千零七十九条 夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚。（一）重婚或者与他人同居。