用人单位在网上停止员工社保的应当按照以下流程进行办理：登录社保APP；进入“办事”业务办理页面；选择“社保”业务；选择职工社保停保减员；选择减员类型、减员原因，上传相关信息进行申请等。法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第五十七条用人单位应当自成立之日起三十日内凭营业执照、登记证书或者单位印章，向当地社会保险经办机构申请办理社会保险登记。社会保险经办机构应当自收到申请之日起十五日内予以审核，发给社会保险登记证件。用人单位的社会保险登记事项发生变更或者用人单位依法终止的，应当自变更或者终止之日起三十日内，到社会保险经办机构办理变更或者注销社会保险登记