人民检察院对犯罪嫌疑人做出不起诉决定时，根据情况决定是否留有案底。如果犯罪嫌疑人确认没有犯罪事实，法院决定不起诉，则不会留下案底；但如果犯罪嫌疑人不确认是否有犯罪事实，法院根据情节轻重决定是否留下案底。法律分析；对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。人民检察院对于监察机关、公安机关移送起诉的案件，应当在一个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长十五日；犯罪嫌疑人认罪认罚，符合速裁程序适用条件的，应当在十日以内作出决定，对可能判处的有期徒刑超过一年的，可以延长至十五日。在不起诉决定做出之后，一般两三天内就会通知到家属或者律师。