个人所得税是按应发工资计算，具体如下：1、个人所得税是按应发工资扣除。2、应纳税所得额的计算：居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额。工资扣除。应纳税所得额的计算。下列各项个人所得，免征个人所得税。1、省级人民政府、国务院部委和中国人民解放军军以上单位，以及外国组织、国际组织颁发的科学、教育、技术、文化、卫生、体育、环境保护等方面的奖金。2、国债和国家发行的金融债券利息。3、按照国家统一规定发给的补贴、津贴。4、福利费、抚恤金、救济金。5、保险赔款。6、军人的转业费、复员费、退役金。