机关不会撤销案件，即使不起诉决定在法律上属于无罪。人民经审查后认为没有犯罪事实或者不应追究刑事责任的，人民可以作出不起诉决定。对于退回补充侦查的案件，如果仍然认为证据不足、不符合起诉条件，可以作出不起诉决定。法律分析；不会件。不会撤销案件。1、不起诉决定在法律后果上属于无罪但机关并不会撤销案件。2、人民经审查后认为没有犯罪事实或者依法不应追究刑事责任的，人民可以作出不起诉决定。3、如果对于退回补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定。拓展延伸；撤回起诉后，是否会主动终止案件调查。